La trama, con grandes elipses típicos del cine mudo, es ambientada el año 1597 y cuenta la experiencia de la primera evangelización de Japón, que se inició en 1549 por el jesuita Francisco Javier. La película comienza con el desembarco en Japón del franciscano español Pedro Bautista, enviado por el gobernador de Filipinas, y se cierra - después de la decisión del gobierno imperial de poner fin a las conversiones y perseguir a los católicos - con el martirio final de seis franciscanos, tres jesuitas y diecisiete persona pertenecientes a los terciarios, entre ellos cuatro niños.
El director Tomiyasu Ikeda, pone en escena, con gran fuerza dramática, la reconstrucción del terremoto, la difícil situación de los perseguidos y la crucifixión definitiva junto al testimonio de fe de los misioneros, muestra - con una clara referencia al Evangelio - el dolor de una madre delante de la martirio de su hijo.
Para la edición italiana fue compuesta una partitura musical por parte del salesiano y músico P. Alessandro de Bonis (1888-1965), que fue publicado por "MISSIONI DE DON BOSCO".
"Los 26 mártires de Japón" fue digitalizada por el Centro de Archivo Nacional de la Industria de Cine Experimental de Cinematografía, con el apoyo de la Cultura de la Región Piamonte y la Compañía de San Pablo.