Vivió en el siglo IV y fue un anacoreta, discípulo de San Antonio Abad (17 de enero) de hecho el más famoso de su tiempo. Como todos estos ermitaños vivía de hierbas, agua, algo de pan y poco más, y sometido a grandes austeridades, falta de sueño, trabajo, oración y penitencias. Su soledad se veía interrumpida muchas veces por aquellos que le visitaban para recibir consejo, escuchar sus palabras, pedirle sus oraciones y por algunos que querían imitarle en su búsqueda de Dios.

Poco a poco su fama se extendió y tuvo que abandonar su soledad porque fue nombrado obispo de Tebaida, Egipto. Toda su vida de intensa oración y penitencias le fortaleció para enfrentarse a la persecución que sufrían los cristianos, y soportar el martirio, del que sobrevivió, pero con una pierna inservible y sin un ojo.

Algunos defienden que estuvo presente en el Concilio de Nicea, donde se defendió la divinidad de Cristo y se condenó el arrianismo. Allí, a pesar de su austeridad de vida y firmeza, se mostró caritativo, abierto, moderado y transigente en contraposición a los padres conciliares, que no conocían la dureza de la Tebaida ni los horrores de la amenaza, ni la vejación, y no querían perdonar a aquellos que habían flaqueado en las persecusiones, impidiendo su reconciliación con la Iglesia.

Asimismo, según algunos, aunque por muchos otros está discutido, podría haber estado a favor de que los clérigos ya casados permanecieran tal cual y que luego de ordenados ya no pudieran casarse. Esta es la ley que aún conserva la Iglesia Ortodoxa, en la que salvo los obispos, los presbíteros y diáconos pueden ser casados.

En el Concilio de Tiro, año 325, Pafnucio reconcilió a Máximo, patriarca de Jerusalén, que coqueteaba con el arrianismo. Le mostró sus marcas producto de la persecusión, y señalando las que Máximo también llevaba, le dijo "quien lleva las mismas gloriosas señales que yo por haber defendido la santa fe, no debe dejase arrastrar y conducir por gentes que se obstina en el error, sino estar decidido a combatirlas", el patriarca volvió a la recta fe católica.

Se le atribuye la conversión de Santa Thais (7 y 8 de octubre), el santo la llevó por el camino de la oración y la penitencia por sus pecados hasta alcanzar la santidad. Es patrono para hallar las cosas perdidas, de los que siguen malos caminos y del arrepentimiento, porque halló y rescató a dicha santa.

El 11 de septiembre además se celebra San Paciente, Santos Proto y Jacinto, mártires.