El primer gran acto del Papa en Perú fue el encuentro con los pueblos amazónicos en Puerto Maldonado, en el departamento Madre de Dios. Allí, según recoge Aciprensa, pidió respeto para ellos ante fenómenos como la minería ilegal, la deforestación, la prostitución y la trata de personas.
Antes de dirigir su discurso a los miles de miembros de los pueblos amazónicos en el Coliseo Regional Madre de Dios, el Papa recibió el saludo del vicario apostólico de Puerto Maldonado, monseñor David Martínez, quien le agradeció la visita: “Su esforzado gesto nos hace gritar con la Madre de Dios que el Señor ha estado grande con nosotros y se ha fijado en nuestra humillación”. También le mostró su reconocimiento por la convocatoria del Sínodo de la Amazonía en 2019: "Lo necesitábamos porque su presencia y su palabra nos dan esperanza. Transmítanos su alegría contagiosa, la del Evangelio y llénenos del Espíritu de Jesús para seguir defendiendo la vida de nuestros pueblos”.
Luego tuvo lugar una danza del pueblo asháninka, tras la cual Luis Felipe y Yésica Patiachi, del pueblo harakbut, lamentaron ante Francisco las "injusticias" por las "explotaciones" de sus recursos naturales. Siguió un canto de bienvenida del grupo shipibo, y una representante del pueblo awajún, María Luzmila Bermeo, pidió al pontífice "que ore mucho para que la Amazonia no pierda sus saberes, sus riquezas, sus culturas y sus valores”.
Cuando tomó la palabra, el Papa dijo que los pueblos amazónicos “son memoria viva de la misión que Dios nos ha encomendado a todos: cuidar la Casa Común. La defensa de la tierra no tiene otra finalidad que no sea la defensa de la vida. Sabemos del sufrimiento que algunos de ustedes padecen por los derrames de hidrocarburos que amenazan seriamente la vida de sus familias y contaminan su medio natural”. Y lamentó que “existe otra devastación de la vida que viene acarreada con esta contaminación ambiental propiciada por la minería ilegal. Me refiero a la trata de personas: la mano de obra esclava o el abuso sexual. La violencia contra las adolescentes y contra las mujeres es un clamor que llega al cielo”.
Francisco afirmó que había querido reunirse con los pueblos amazónicos, "visitarlos y escucharlos, para estar juntos en el corazón de la Iglesia, unirnos a sus desafíos y reafirmar una opción sincera por la defensa de la vida, defensa de la tierra y defensa de las culturas”: “Probablemente los pueblos originarios amazónicos nunca hayan estado tan amenazados en sus territorios como lo están ahora. La Amazonia es tierra disputada desde varios frentes: por una parte, el neo-extractivismo y la fuerte presión por grandes intereses económicos que dirigen su avidez sobre petróleo, gas, madera, oro, monocultivos agroindustriales. Por otra parte, la amenaza contra sus territorios también viene por la perversión de ciertas políticas que promueven la ‘conservación’ de la naturaleza sin tener en cuenta al ser humano y, en concreto, a ustedes hermanos amazónicos que habitan en ellas”. Como también “movimientos que, en nombre de la conservación de la selva, acaparan grandes extensiones de bosques y negocian con ellas generando situaciones de opresión a los pueblos originarios para quienes, de este modo, el territorio y los recursos naturales que hay en ellos se vuelven inaccesibles”.
“Esta problemática provoca asfixia a sus pueblos y migración de las nuevas generaciones ante la falta de alternativas locales. Hemos de romper con el paradigma histórico que considera la Amazonia como una despensa inagotable de los Estados sin tener en cuenta a sus habitantes”, proclamó: "Es imprescindible realizar esfuerzos para generar espacios institucionales de respeto, reconocimiento y diálogo con los pueblos nativos; asumiendo y rescatando la cultura, lengua, tradiciones, derechos y espiritualidad que les son propias”.
“La Iglesia no es ajena a vuestra problemática y a sus vidas, no quiere ser extraña a vuestra forma de vida y organización. Necesitamos que los pueblos originarios moldeen culturalmente las Iglesias locales amazónicas”, de forma que tengan "rostro amazónico", "rostro indígena".
Francisco remató su discurso con una despedida en quechua: "Tinkunakama" [Hasta un próximo encuentro]. El encuentro concluyó con un alegre canto con el que despidieron al Papa, cuyo coro decía “los hijos de la selva te alabamos, Señor”.