Los actos puramente religiosos del Papa en Bulgaria, tras su encuentro con las autoridades civiles, comenzaron con tres muy seguidos: en el Palacio del Santo Sínodo, sus palabras ante Neófito, patriarca ortodoxo de toda Bulgaria, y su sínodo; luego, la visita a la catedral de Alejandro Nevski, donde rezó ante las tumbas de San Cirilo y San Metodio, evangelizadores de la Europa oriental; y por último, en la plaza donde se ubica el templo, el rezo del Regina Coeli.

Ante Neófito y su "santo sínodo", Francisco tuvo unas primeras palabras para evocar a los mártires del comunismo en Bulgaria, "los testigos de la Pascua": "¡Cuántos cristianos en este país sufrieron por el nombre de Jesús, en particular durante la persecución del siglo pasado... Pasaron a través de las espinas de la prueba para que se extienda la fragancia del Evangelio. Florecieron en un terreno fértil y bien labrado, en un pueblo rico de fe y humanidad genuina, que les dio raíces robustas y profundas. Pienso en la vida monástica que, de modo especial, alimentó la fe de la gente de generación en generación". Utilizando una denominación que es ya habitual en sus discursos, denominó a esa unidad de los cristianos ante la persecución "el ecumenismo de la sangre".

Luego alabó la senda del diálogo entre católicos y ortodoxos impulsado en el Concilio Vaticano II por el Papa San Juan XXIII, quien fue delegado apostólico en Sofía entre 1925 y 1934, y abogó por que, "con la ayuda de Dios y en los tiempos que la Providencia disponga, esos contactos incidan positivamente en tantos otros aspectos de nuestro diálogo. Mientras tanto, estamos llamados a caminar y a actuar juntos para dar testimonio del Señor, sirviendo especialmente a los hermanos más pobres y olvidados, en los que Él está presente. El ecumenismo del pobre".

Por último, recordó que "los santos Cirilo y Metodio... nos han unido desde el primer milenio... [Su] memoria viva perdura en nuestras Iglesias como fuente de inspiración, porque, a pesar de las adversidades, ellos pusieron en primer lugar el anuncio del Señor, la llamada a la misión" y "eligieron la perspectiva de la comunión": "Misión y comunión", dijo el Papa, "dos palabras que se entrelazan siempre en la vida de los dos santos y que pueden iluminarnos el camino para crecer en fraternidad. El ecumenismo de la misión".

Franciso añadió además que "Cirilo y Metodio, bizantinos de cultura, tuvieron la audacia de traducir la Biblia en una lengua accesible a los pueblos eslavos, para que la Palabra divina precediese a las palabras humanas. Su valiente apostolado permanece como un modelo de evangelización para todos". Pidió una especial atención a los jóvenes para que "encontremos modos para transmitir la fe con el lenguaje y las formas que permitan a los jóvenes experimentar la alegría de un Dios que los ama y los llama. De lo contrario se sentirán tentados a confiar en tantas sirenas engañosas de la sociedad de consumo".

A continuación Francisco acudió a la catedral de Alejandro Nevski a rezar en silencio ante la cátedra de San Cirilo (827-869) y San Metodio (815-885), apóstoles de los eslavos.

Posteriormente, en la Plaza, rezó como es tradicional el Regina Coeli, en la misma plaza de la catedral.

Antes de ello, reiteró el recuerdo a San Juan XXIII y las palabras anteriores llamando al encuentro entre las comunidades cristianas. Y felicitó la Pascua a los presentes con un Christos vozkrese! [¡Cristo ha resucitado!], palabras que "expresan la gran alegría por la victoria de Jesucristo sobre el mal y sobre la muerte. Son una afirmación y un testimonio del corazón de nuestra fe: Cristo vive. Él es nuestra esperanza y la más hermosa juventud del mundo. Todo lo que Él toca se hace nuevo, se llena de vida. Por eso, las primeras palabras que quiero dirigir a cada uno de vosotros son: ¡Él vive y te quiere vivo! Él está en ti, Él está contigo y nunca te deja. Él camina contigo... Cuando te sientas avejentado por la tristeza –la tristeza envejece–, los rencores, los miedos, las dudas o los fracasos, Él estará allí para devolverte la fuerza y la esperanza".