Los cardenales miembros de la Congregación de Asuntos Eclesiásticos Extraordinarios se reunieron cinco veces en 1931 para examinar a fondo la compleja situación de la Iglesia en España, tras la proclamación de República. La primera plenaria se celebró el 23 de abril, para debatir sobre el reconocimiento del Gobierno provisional de la República proclamada pocos días antes. El cardenal Pacelli se mostró favorable, aunque la consideraba ilegítima en su origen. Los cardenales que se oponían al reconocimiento de la república decían que se trataba de un golpe de Estado. La Iglesia acató inmediatamente el nuevo régimen y se mostró dispuesta a colaborar con él por el bien común.
En la Plenaria del 1º de junio Pacelli informó sobre las noticias personales que le había dado el día anterior el obispo de Vitoria, Mateo Múgica, expulsado de España por el Gobierno el 17 de mayo. Según él, la “España católica” era, por desgracia, un mito, ya que la religiosidad del pueblo, a excepción de las tres provincias vascas y Navarra, era muy escasa. Al obispo le parecía imposible de momento la restauración de la monarquía y muy difícil de cara al futuro. Nada bueno podía esperarse del Gobierno provisional, aunque había tres ministros católicos, que serían muy pronto alejados del gabinete. Todos los demás eran ateos y enemigos de la Iglesia. Nada bueno podía esperarse de las próximas elecciones para las Cortes Constituyentes, previstas para finales de junio, porque serían hechas con amenazas y violencias, sin permitir todos los ciudadanos se manifestaran libremente. El Gobierno preparaba la expulsión de las órdenes religiosas e incitaba a los ayuntamientos que la pidieron diciendo que la exigía el pueblo.
La situación político-religiosa se fue complicando a lo largo del verano a causa de las inoportunas actuaciones del cardenal Segura y de las pretensiones del Gobierno, que exigía su dimisión. Por ello, el 3 y el 15 de septiembre volvieron a reunirse los cardenales para estudiar la propuesta gubernativa y tomar nuevas decisiones. En la Plenaria se pusieron de relieve las fuertes tensiones existentes entre Segura y el nuncio Tedeschini, cuya actuación fue de nuevo censurada por algunos cardenales, a la vez que Gasparri y Pacelli le defendieron. El “caso Segura” pudo resolverse cuando el mismo purpurado presentó la dimisión, aceptada inmediatamente por el Papa.
La quinta Plenaria de 1931 se celebró el 12 de noviembre para examinar las relaciones diplomáticas con la propuesta de nombrar embajador ante el Vaticano a Luis de Zulueta, rechazado en el mes de mayo. Los cardenales se opusieron a su aceptación porque hubiera sido humillante para la Santa Sede admitir un embajador al que se le había negado formalmente el placet, y cuya situación personal se había agravado ulteriormente a raíz del discurso pronunciado en las Cortes a finales de agosto, en el que criticó abiertamente a la Iglesia, cerrándose él mismo la puerta que le hubiera permitido acceder a la embajada.
Pacelli pedirle al Gobierno que no insistiera ulteriormente sobre un candidato que ya había sido declarado no grato y que propusiera otro más aceptable. Solo tras la respuesta del Gobierno se podría ver la forma de actuar en el futuro y si era conveniente o no que el Nuncio continuara o quedara en Madrid un simple encargado de negocios.
Algunos purpurados eran partidarios de una línea más dura y enérgica frente a las pretensiones cada vez más intolerables del Gobierno, mientras que otros preferían que se negociara hasta donde fuera posible. Los primeros pedían la retirada del Nuncio, como gesto fuerte que impactaría a la opinión pública; los segundos eran favorables a mantener las relaciones diplomáticas, aunque no se hacían grandes ilusiones sobre eventuales resultados favorables a las exigencias de la Santa Sede dado el radicalismo impuesto en las Cortes por los grupos políticos más extremistas y violentos.
Pacelli defendió a Tedeschini, que permaneció en Madrid hasta junio de 1936, cuando regresó a Roma tras haber sido creado cardenal. Por esta razón, la Santa Sede mantuvo las relaciones diplomáticas con la República, a pesar de su enfrentamiento con la Iglesia manifestada desde los primeros días. Solamente a mediados de 1938, cuando la guerra de España se aproximaba a su fin y diversos estados habían reconocido al gobierno llamado “nacional”, quedaron cortadas dichas relaciones.
Los votos del cardenal Pacelli en estas congregaciones constituyen una síntesis de la problemática político-religiosa española con la que tuvo que enfrentarse la Santa Sede en pocos meses, ya que la rapidez e intensidad con que se sucedieron los acontecimientos políticos obligaron a tomar decisiones inmediatas, no siempre fáciles de aplicar.