Él fue quien tuvo la gracia de recibir el escapulario de las manos de la Reina del Cielo. El mismo día, lo apoyó al cuerpo de un moribundo impenitente y obtuvo el primer milagro del escapulario: la conversión del enfermo.
Al fraile que lo asistía en su última enfermedad, el santo le preguntó muchas veces qué día de la semana era. Y explicó: “Pregunto porque me vino a la memoria qué beneficio tan grande es el que hace Nuestra Señora a los religiosos de su orden que han llevado su hábito y han hecho lo que pide ese privilegio”. San Juan falleció en la alborada de un sábado, 14 de diciembre de 1591.
Con frecuenta se gloriaba de llevar el escapulario “como indigna carmelita”. Y velaba para que sus religiosas no dejaran de dormir con él puesto. Se dirigía a ellas escribiendo: “Sólo puedo confiar en la misericordia del Señor… y en los merecimientos de su Hijo y la Santísima Virgen María, su Madre, cuyo hábito indignamente traigo y vos traéis”.
Usaba el escapulario y lo recomendaba insistentemente a los fieles. El escapulario con el que fue enterrado permaneció incorrupto en el sepulcro y hoy es venerado en un relicario en Marianella, su ciudad natal.
Se sirvió incesantemente del escapulario del Carmen en su apostolado con los esclavos en Colombia. Se conserva una pintura representándolo en el lecho de muerte, con un crucifijo en una de las manos y el escapulario sobre el pecho; alrededor de su cama, los fieles a quienes sirvió también traen el escapulario al cuello.
Lo recibió en la infancia y lo difundió durante toda la vida. Fue enterrado en 1888 con el escapulario. En 1929, el escapulario fue encontrado en perfecto estado de conservación, bajo las ropas podridas y los restos mortales momificados del gran apóstol e incomparable educador de la juventud.
Él decía: “Desahoguen el pecho frente a la Virgen del Carmen los pecadores empedernidos: revístanse de su santo escapulario y ella los conducirá al puerto de la conversión. Hónrenla con el uso del escapulario y demás obligaciones u obsequios de la cofradía”.