Los capuchinos escogieron para ello la fecha del aniversario de la elección de Benedicto XVI, que corresponde también al inicio de su 126º capítulo provincial. La traslación fue autorizada por la Congregación para las Causas de los Santos.
La celebración comenzó con la oración de la liturgia de Nona a las 4:15 p.m en el Santuario de Santa María de las Gracias (donde reposaban los restos mortales del santo desde hacía 42 años), en presencia del arzobispo de Manfredonia-Vieste-San Giovanni Rotondo, monseñor Michele Castoro.
La procesión para el traslado propiamente dicho hacia la iglesia de San Pío de Pietrelcina comenzó a las 4:30 de la tarde tras un momento de oración y unas palabras del arzobispo, informa Aci.
La urna que contiene las reliquias del santo fue transportada por doce frailes sobre un carro adornado con flores de distintos colores. Monseñor Castoro presidió la Eucaristía con la consagración del altar y la colocación de la urna en el pilar central de la iglesia, diseñado por Renzo Piano. El pilar está decorado con mosaicos del Padre Ivan Marko Rupnik sobre las vidas del Padre Pío y de San Francisco de Asís.
La nueva basílica fue inaugurada por el Papa Benedicto XVI el 21 de junio de 2009, durante su visita a San Giovanni Rotondo.