El punto que el Papa sometió a la reflexión de los presentes es el pasaje evangélico de la oración de Jesucristo por la Iglesia: «Que todos sean uno, como tú, Padre, y yo somos uno».
Esta apelación a la unidad de los católicos se concentra en tres preguntas en torno a las cuales Benedicto XVI invitó a los presentes a hacer un examen de conciencia: «El Señor nos pregunta: ¿vives gracias a la fe, en comunión conmigo y, por tanto, en comunión con Dios? ¿O acaso no vives más bien para ti mismo, alejándote así de la fe? ¿Y no eres así tal vez culpable de la división que oscurece mi misión en el mundo, que impide a los hombres el acceso al amor de Dios?»
Joseph Ratzinger pronunció estas palabras en la basílica de San Juan de Letrán, en el acto culmen y final del Jueves Santo, durante el cual cumplió el mandato de Jesucristo de repetir su gesto de lavar los pies a los Apóstoles, con el tradicional gesto de hacerlo él con doce sacerdotes.
Tras la misa fue entronizado el Santísimo Sacramento en el altar de la capilla de San Francisco.