Sin embargo, señalan los objetores, una vez dictadas las sentencias del Tribunal Supremo sobre objeción a EpC (que no afectan a ningún alumno madrileño), la Consejería de Educación de la Comunidad de Madrid se apresuró a dictar una resolución en la que se recordaba que todos los alumnos (objetores o no) debían cursar las asignaturas. Esta resolución administrativa ha sido considerada «como una negativa expresa al ejercicio al Derecho a la Objeción de Conciencia a las asignaturas de EpC».
Por tanto, una vez que el Gobierno de Esperanza Aguirre ha denegado a los padres el derecho a objetar, estos han empezado a presentar recursos contencioso-administrativos ante el Tribunal Superior de Justicia de Madrid. De momento, han sido 24 familias las que lo han presentado en nombre de 39 niños y jóvenes que acuden a centros públicos y concertados de Madrid, Villalba, Las Rozas, Boadilla, El Escorial, Velilla de San Antonio y Alcalá de Henares.
En la demanda judicial presentada, estos padres reclaman que se les reconozca el derecho a la objeción de conciencia frente a EpC y se declare a sus hijos exentos de cursarlas, de asistir a sus clases y de ser evaluados. Invocan para ello la Constitución Española, diversos tratados internacionales así como la jurisprudencia del Tribunal Constitucional. Alegan que los reales decretos que desarrollan el currículo de EpC pretenden «impartir (e imponer puesto que no se valoran solo conocimientos, sino también conductas) una ética común, una moral concreta, no neutra, que parte de una antropología y unos postulados ideológicos concretos».
Como explica María Menéndez, portavoz de Madrid Educa en Libertad, la plataforma que respalda a los padres objetores en la Comunidad de Madrid, «tras las famosas sentencias del Tribunal Supremo sobre objeción a EpC se han emitido sentencias nuevas favorables a los objetores; en Castilla y León ya son 538 los alumnos que no van a cursar las asignaturas gracias a una sentencia judicial. En Madrid no nos ha quedado más remedio que seguir el mismo camino y acudir a los juzgados».