En la Comunidad de Madrid, la iniciativa la han tomado unos padres objetores a los que tanto el Defensor del Pueblo como el Defensor del Menor han admitido su queja contra la Consejería de Educación.
 
Los citados padres, en escritos dirigidos a ambas instituciones, exponen que en febrero de 2008 «presentaron su declaración de objeción de conciencia en nombre de sus cuatro hijos en el registro de la Consejería de Educación de la Comunidad de Madrid, sin haber obtenido respuesta hasta la fecha», hecho tras el cual, «la Consejería de Educación envió al colegio unas instrucciones relativas a su hijo sin que los padres hubieran recibido notificación alguna».
 
En el curso de los acontecimientos, según ha informado Profesionales por la Ética, «el 23 de marzo de 2009 solicitaron a la Consejería de Educación les aclarase algunas cuestiones relativas a su declaración de objeción sin haber obtenido respuesta alguna por parte de la Consejería».
 
Finalmente, señalan, «ante la falta de respuesta de la Consejería de Educación, los padres presentan una queja por la actuación de dicho departamento de la Comunidad de Madrid, ya que ha incumplido la Ley de Régimen jurídico de las Administraciones Públicas y del Procedimiento Administrativo Común al no contestar a su declaración de objeción de conciencia ni notificarles las resoluciones que afectaran a sus intereses. La Consejería de Educación, sin embargo, si ha cursado instrucciones a los colegios en relación con la evaluación de EpC».
 
En definitiva, esta situación, según la queja presentada, ha generado «indefensión» a los padres objetores y a sus hijos, por lo que solicitan se les aclare si la Consejería de Educación «admite o no las declaraciones de objeción de conciencia, teniendo en cuenta que el Tratado de Lisboa, vigente desde el pasado 1 de diciembre, les reconoce dicho derecho de objeción». 
 
Para María Menéndez, portavoz de Madrid Educa en Libertad (la plataforma que agrupa a la mayoría de padres objetores a EpC en esta Comunidad), la actuación de la Comunidad de Madrid en este asunto «ha sido lamentable». «En la campaña electoral de 2008, Esperanza Aguirre nos hizo creer que nos respaldaba pero luego nos ha dejado completamente tirados», subraya.
 
María Menéndez asegura que las quejas que han sido admitidas por el Defensor del Pueblo y el Defensor del Menor de la Comunidad de Madrid son sólo el principio de una serie de actuaciones que llevarán adelante los padres madrileños para defender a sus hijos del adoctrinamiento escolar.