Quien sucedira a monseñor Munilla como titular de la parroquia de el Salvador en Zumárraga, el padre Xabier Murua, ha desmentido categóricamente las acusaciones vertidas por el presbítero nacionalista vasco José Arregui, según las cuales, el prelado habría guardado en el ordenador de la citada iglesia una serie de docuemntos comprometedorees, entre los que se encontrarían «fichas de curas» y archivos de diversos prelados españoles. La denuncia de Arregui fue realizada a través de un vídeo publicado en Catalunyareligió.cat.
Murua ha asegurado, en un comunicado remitido a Religión Digital, que se hizo eco del citado vídeo, que «me siento en la obligación moral de salir al paso del video infame del Sr Arregi. ¡ES UNA CALUMNIA ABSOLUTA! Yo soy testigo de primera mano de que es absolutamente falso que en el ordenador de la Sacristía de la Parroquia de El Salvador (de la que yo soy responsable), existiese nada comprometedor contra D. José Ignacio Munilla (ni "fichas de sacerdotes", ni demás "bobadas"...).
Me da vergüenza que este Señor salga en el video teniendo detrás un sagrario. En ese Sagrario está Aquel que dijo: "De toda palabra ociosa, daremos cuenta a Dios"».
Fuentes del clero vasco exiliado han asegurado a Religión en Libertad que estas denuncias tratan de «montar follón» de cara a la toma de posesión de monseñor Munilla como obispo de San Sebastián el próximo 9 de enero y prevén que durante la Navidad sigan sucediéndose ataques del mismo tenor. Del mismo modo, respaldan la actuación de Xabier Murúa.