Además, consideró que los dirigentes del PP Antonio Basagoiti y Arantza Quiroga «confunden churras con merinas» al vincular al PNV la posición del 77 por ciento del clero guipuzcoano contra la designación de Munilla.
 
En una entrevista concedida a ETB, recogida por Europa Press, Urkullu señaló que la sustitución de Juan María Uriarte por José Ignacio Munilla como obispo de San Sebastián «es algo que uno veía venir, no ya desde el plano político, sino desde otro plano». «Yo no entro en las formas de decisión que se dan en la Iglesia católica. Es obvio que la decisión es a dedo, es impuesta, y eso también tiene que hacer ver a la sociedad cuáles son las reglas de juego que una institución, como la propia Iglesia, tiene», añadió.
 
En este sentido, dijo que su preocupación es si el nuevo obispo «va a representar una línea pastoral, de doctrina de la Iglesia determinada, como ha sido la línea pastoral que ha llevado a cabo la diócesis de San Sebastián o cualquier diócesis de la Comunidad Autónoma del País Vasco, más en aplicación de lo que fue el Concilio Vaticano II, entendiendo una justicia social determinada, entendiendo unas raíces, unas señas de identidad, sin que tuviera que estar trufado de política, que es lo que creo que, en estos momentos, yo creo que sí existe».
 
Sobre las palabras de Quiroga y Basagoiti por las que se vinculaba la actitud del clero de Guipúzcoa a la formación nacionalista, preguntó: «¿Usted piensa que, si el 80 por ciento de los párrocos de la diócesis de San Sebastián hubiera dicho lo contrario, yo habría dicho que detrás de los párrocos había no sé qué movimiento político? No, lo que yo tengo que hacer es respetar que la propia Iglesia católica es una institución y que es significativo que el 80 por ciento de los párrocos, no estamos hablando de 40 ni de 30 ni de 20, estamos hablando del 80 por ciento de los párrocos de esa diócesis dicen lo que dicen», añadió.
 
Por ello, consideró que los dirigentes del PP «podrán decir lo que quieran, pero son ellos los que están confundiendo churras con merinas, y a quienes se les percibe también que, detrás de lo que es una imposición, como pueda ser el obispo Munilla, hay una tendencia ideológica determinada».
Preguntado por las críticas que en el pasado el PNV ha realizado contra Antonio María Rouco Varela o el propio Ricardo Blázquez, reconoció que, «quizá, la manera de expresarnos no ha sido todo lo certera o afortunada que debía ser desde la separación de lo que es la Iglesia con la política». «Yo siempre he intentado respetar lo que son las decisiones de la Iglesia, pero también con la libertad de poder criticarlas, no desde el cariz político, salvo que, desde la Iglesia, hubiese opiniones políticas», señaló.
Tras asegurar que «es evidente que, desde la Iglesia española ha habido unos cuantos pronunciamientos políticos también en relación al nacionalismo vasco», dijo que, por tanto, «si desde la Iglesia española hay unas referencias al nacionalismo vasco y unas reflexiones sobre lo que son las reivindicaciones políticas legítimas de los partidos políticos», también éstos podrán «tener una opinión desde el plano político».