En el simbolismo del logo se combinan tres elementos: el lugar, los principales protagonistas, y el tema de la celebración.
El logotipo de la Jornada Mundial de la Juventud de Cracovia 2016 ilustra el pasaje de Mateo 5,7: "Bienaventurados los misericordiosos, porque ellos alcanzarán misericordia" elegido como tema del encuentro.
La imagen se compone de los límites geográficos de Polonia, dentro de los cuales se encuentra la Cruz, símbolo de Cristo, que es el alma de la JMJ.
El círculo amarillo marca la ubicación de Cracovia en el mapa de Polonia y es también símbolo de los jóvenes.
Desde la cruz nace la llama de la Divina Misericordia, cuyos colores recuerdan la imagen de Jesús, en Ti confío. Los colores utilizados en el logotipo -azul, rojo y amarillo– son los colores oficiales que recuerdan la ciudad de Cracovia y su escudo.
La autora del logo creado después de la canonización de San Juan Pablo II, es Monika Rybczyńska, una joven de 28 años proveniente de Ostrzeszów, una pequeña ciudad del centro-oeste.
También se ha dado a conocer la oración oficial de la JMJ 2016 con la que se pide al Señor por la humanidad y los jóvenes, por la gracia de un alma misericordiosa y por la intercesión de la Virgen María y de san Juan Pablo II, patrono de la JMJ.
Dios, Padre misericordioso,
que has revelado tu amor en tu Hijo Jesucristo
y lo has derramado sobre nosotros en el Espíritu Santo, Consolador,
te encomendamos hoy el destino del mundo y de todo hombre.
Te encomendamos en modo particular
los jóvenes de toda lengua, pueblo y nación.
Guíales y protégeles en los complejos caminos de hoy
y dales la gracia de poder cosechar abundantes frutos
de la experiencia de la Jornada Mundial de la Juventud de Cracovia.
Padre celestial,
haznos testigos de tu misericordia.
Enséñanos a llevar la fe a los que dudan,
la esperanza a los desanimados,
el amor a los indiferentes,
el perdón a quien ha obrado el mal
y la alegría a los infelices.
Haz que la chispa del amor misericordioso
que has encendido dentro de nosotros
se convierta en un fuego que transforma los corazones
y renueva la faz de la tierra.
María, Madre de Misericordia, ruega por nosotros.
San Juan Pablo II, ruega por nosotros.