Tal y como recoge Obras Misionales Pontificias, su experiencia como refugiado fue muy dura. En Malawi no consiguió encontrar a su familia hasta tres años después. “Estuve mucho tiempo solo, haciendo algún trabajo para conseguir comida y con qué vestirme”. Fue entonces cuando conoció a un misionero espiritano que ayudaba a los refugiados. Era el padre Conor Kennedy. Pudo ver la sencillez, la dedicación y el amor del misionero, por lo que, en 1991, decidió que quería ser espiritano y fue enviado a Sudáfrica para dar los primeros pasos.
De Sudáfrica fue a Kenia, para estudiar Teología. Las vacaciones las pasaba en misión en Uganda y Tanzania, donde aprendió el suajili. Ordenado diácono, fue enviado como misionero a Zambia, a una misión cerca de Livingstone.
Su ordenación sacerdotal tuvo lugar en Malawi, su “tierra de refugio”, en mayo de 2002, precisamente en una parroquia en la que trabajaba el padre Kennedy, cerca de la frontera, lo que hizo posible que toda su familia asistiera. Fue un momento emocionante, cuenta el padre João, en el que estuvieron presentes además de su familia, miembros de su comunidad cristiana en Mozambique y amigos suyos de Malawi.
Pasados los años trabajó junto al padre Kennedy, y llegó a ser su superior. El anciano misionero irlandés decía que el padre João era un caso extraños: “Era refugiado y ahora es mi superior”. Trabajaron en equipo, hasta su fallecimiento en 2011. El padre João es el único espiritano mozambiqueño, aunque varios compatriotas suyos parece que seguirán su camino.
Reconoce que durante su vida le ha ayudado reflexionar sobre la vida de la Virgen: “Me ha inspirado su hospitalidad: no solo acoger al otro, sino acoger los momentos difíciles y la alegrías, porque Dios está siempre presente. Me inspira su fe en Dios para el que nada es imposible, que tiene muchas formas de actuar en nuestra vida”.