El primer atentado tuvo lugar en torno a las diez de la mañana cuando, según informa ABC, un artefacto explotó en el pasillo central frente al altar, lugar de la mayor concentración de fieles. El segundo atentado ensangrentó el templo donde celebraba misa el Patriarca Teodoro II, que no resultó herido.
El doble atentado ha tenido lugar a pocos días de la visita de Francisco a Egipto los próximos 28 y 29 de abril. Al conocerse las primeras noticias del atentado, el Papa trasladó sus condolencias a las víctimas durante los actos del Domingo de Ramos y Angelus en Roma: "A mi querido hermano Tawadros [Teodoro, patriarca de la Iglesia Copta Ortodoxa de Egipto], a la Iglesia Copta y a toda la querida nación egipcia, expreso mi profundo pésame".
La visita de Francisco coincide con una escalada de incidentes sectarios contra la minoría cristiana copta, que representa entre el 8 y el 12% de la población egipcia. El pasado diciembre, otro artefacto explosivo colocado en el corazón de la sede del Patriarcado Ortodoxo copto en San Marcos se cobró la vida de cerca de 28 personas que se encontraban en misa. Este atentado, presuntamente llevado a cabo por un terrorista suicida de nacionalidad egipcia, fue prontamente reivindicado por Estado Islámico, que amenazó con "limpiar el país" de cristianos, señalando que "lo peor está por llegar".