El franciscano José Arregui había encabezado la corriente crítica contra el nombramiento de monseñor José Ignacio Munilla como obispo de San Sebastián, lo que supuso estar en primera línea de batalla en los medios, en una actitud muy poco conforme con su vocación sacerdotal y estado de vida religioso.
Arregui es profesor en varias universidades del País Vasco, así como firme defensor de la Teología de la Liberación y todas aquellas causas eclesiales habituales en el llamado «disenso eclesial».
En su escrito de despedida, el ex fraile dice que "no callaré". Ante las peticiones de silencio de su orden y la de su antiguo obispo Uriarte, Arregui señaló que "eso equivalía a una insumisión, y en la Iglesia institucional que tenemos no hay lugar para insumisos, y yo lo sabía. Tampoco hay lugar para insumisos en la Orden franciscana que tenemos, y también esto lo sabía"."No he necesitado, pues, de grandes discernimientos: o acataba o me iba", dijo.
Las declaraciones de Arregui contra Munilla eran de una dureza inusitada viniendo, sobre todo de un franciscano. Entre esas críticas cabe destacar la que realizó al conocerse el nombramiento de Munilla como obispo de San Sebastián: "este nombramiento responde a una oscura estrategia largamente diseñada y fríamente aplicada" por el Vaticano para "la restauración de la Iglesia preconciliar".
Asimismo, subrayó que el Vaticano buscaba "someter a las diócesis vascas al proyecto teológico, eclesial y político dominante en el episcopado español". Consideraba que Munilla "es tan ferviente nacionalista español y tan visceral antinacionalista vasco".