El guión recoge lo sucedido a la familia Beam, en particular a la pequeña Annabel, a quien con nueve años le diagnosticaron una grave y rara enfermedad intestinal de la que se curó inexplicablemente tras sufrir un accidente poco habitual: se cayó por el interior de un gran árbol hueco desde una altura que debía haber provocado su muerte. El médico que seguía su caso, Samuel Nurko, especialista de fama mundial en ese tipo de enfermedades pediátricas, judío mexicano, no dudó en afirmar que "Jesús debía estar con esa pequeña en aquel árbol". Su personaje corre por cuenta del también mexicano Eugenio Derbez, un habitual de papeles cómicos que incorpora una gran humanidad al papel del doctor en medio de la tragedia.
La Annabel Beam real, salvada de una enfermedad mortal y de una caída mortal. ¿Qué le pasó después de esa doble sanación? Para eso hay que ver Los milagros del cielo.
Contar hasta ahí no es desvelar ningún secreto, por dos razones: primera, porque al estar basada en hechos reales, la historia es conocida y el mismo tráiler de Los milagros del cielo cuenta eso mismo; y segunda, porque es justo a partir de la curación de la pequeña donde empieza el meollo de los misterios que envuelve esta película emotiva, familiar y en la que la fe en Dios es el fundamento de la esperanza de todos sus protagonistas.
Y así, el obispo auxiliar de Los Ángeles, Robert Barron, la recomienda como un film en el que encontrar, si no todas las respuestas, al menos sí muchas de las claves sobre la gran cuestión del sentido del sufrimiento de los inocentes.