En el siglo VII, como consecuencia de la expansión musulmana, tres de los cuatro Patriarcados orientales cayeron en poder del Islam: Alejandría, Antioquía y Jerusalén. Por eso, el Oriente cristiano se identificó desde entonces con la Iglesia griega o bizantina, es decir, el Patriarcado de Constantinopla y las iglesias nacidas como fruto de su acción misionera, que le reconocían una primacía de jurisdicción o al menos de honor. Estas cristiandades que giraban en la órbita de Constantinopla integraban la Iglesia greco?oriental.
El Cristianismo sufrió la impronta de la contraposición entre Oriente y Occidente, cultura griega y latina. Constantinopla se convirtió en el principal Patriarcado del Oriente cristiano, émulo del Pontificado romano, estrechamente vinculado al Imperio de Bizancio, mientras Roma se alejaba cada vez más de este y buscaba su protección en los emperadores francos o germánicos. En este contexto de creciente frialdad entre las dos Iglesias, las fricciones y enfrentamientos jalonaron un largo proceso de debilitamiento de la comunión eclesiástica.
Controversia filioque
En el año 589, durante el Tercer Concilio de Toledo, donde tuvo lugar la solemne conversión de los visigodos al catolicismo, se produjo la añadidura del término filioque (traducible como "y del Hijo"), por lo que el Credo pasaba a declarar que el Espíritu Santo procede no exclusivamente del Padre como decía el credo Niceno, sino del Padre y del Hijo al decir:
et in Spiritum Sanctum, dominum et vivificantem, qui ex Patre Filioque procedit
("y en el Espíritu Santo, Señor y dador de vida, que procede del Padre y del Hijo")
En el año 568 el nombre del Papa fue retirado de los dípticos del patriarcado de Constantinopla. Se discute todavía entre los historiadores cuál ha sido el motivo de este cambio. Una causa pudo ser el hecho de que el Papa Sergio IV había enviado al patriarca de Constantinopla una profesión de fe que contuviera el filioque y eso habría provocado la incomprensión de parte del patriarca.
Aunque la inserción del Filioque en el credo latino estaba en las diferentes liturgias europeas desde el siglo VI, y sobre todo en la carolingia desde el siglo IX, la liturgia romana no incluía la recitación del credo en la liturgia. En 1014 con motivo de su coronación como emperador del Sacro Imperio, Enrique II solicitó al Papa Benedicto VIII la recitación del Credo. El Papa, necesitado del apoyo militar del emperador, accedió a su petición y lo hizo según la praxis vigente por entonces en Europa: de este modo, por primera vez en la historia el filioque se usó en Roma.
Según cuenta un historiador del tiempo, Rodolfo Glabro, la Iglesia griega quería en aquellos primeros años del milenio encontrar una especie de entendimiento con la Iglesia latina de manera que «con el consenso del Romano Pontífice la Iglesia de Constantinopla fuese declarada y considerada universal en su propia esfera, así como Roma en el mundo entero». Esto implicaba una doble forma de ser una sola Iglesia católica. El Papa Juan XIX pareció vacilante ante la propuesta de la iglesia griega lo cual le supuso recibir la recriminación de algunos monasterios que estaban por la reforma eclesial.
Las relaciones entre Roma y Constantinopla experimentaron ya una primera ruptura en el siglo V: el cisma de Acacio, que estuvo motivado por las proclividades monofisitas de este patriarca (482) y que se prolongó durante treinta años. Más prolongadas fueron las repercusiones del problema de la inconoclastía. Como es sabido, León III Isáurico un gran emperador que salvó a Bizancio de la amenaza árabe dio origen a una grave crisis religiosa, que alteró durante más de un siglo la vida del Oriente cristiano: en 726 prohibió la veneración de las imágenes sagradas y poco después ordenó su destrucción. León III pretendió que el Papa sancionase sus edictos iconoclastas y ante la rotunda negativa tomó represalias contra la Iglesia romana. En todo caso, las luchas de las imágenes no resultaron desfavorables para las relaciones entre los cristianos orientales y Roma: los defensores de las imágenes entre los que se contaban los monjes y la gran masa del pueblo dirigieron sus miradas hacia el Papado en busca de apoyo.
El patriarca Focio, a pesar de que sabía que abriría un abismo entre griegos y latinos, convirtió en problema la cuestión de la procedencia de la segunda persona de la Santísima Trinidad. De este modo, las diferencias entre griegos y latinos no serían, en adelante, solamente disciplinares y litúrgicas, sino también dogmáticas, con lo que la unidad de la Iglesia quedaba irremediablemente comprometida. Puede afirmarse, en suma, que Focio, un sabio eminente que personificó el genuino espíritu eclesiástico de Constantinopla, contribuyó como nadie a preparar los ánimos para el futuro cisma oriental.
El cisma llegó, sin excesivo dramatismo, en los comienzos de la época gregoriana. Los violentos sentimientos antilatinos del patriarca de Constantinopla Miguel Cerulario y la incomprensión de la mentalidad bizantina por parte de los legados papales Humberto de Silva Candida y Federico de Lorena, enviados para negociar una paz eclesiástica, fueron los factores inmediatos de la ruptura. Humberto depositó una bula de excomunión, el 16 de Julio de 1054, sobre el altar de la catedral de Santa Sofía; Cerulario y su sínodo patriarcal respondieron el 24 del mismo mes excomulgando a los legados y a quienes les habían enviado. El Cisma quedaba así formalmente abierto, aunque cabe pensar que muchos contemporáneos y quizá los propios protagonistas del episodio pudieron creer que se trataba de un incidente más de los muchos registrados hasta entonces en las difíciles relaciones entre Roma y Constantinopla. Lo que parece indudable es que, para la masa del pueblo cristiano griego y latino, el comienzo del cisma de Oriente pasó del todo inadvertido.
El correr del tiempo descubrió a los cristianos la existencia de un auténtico cisma, que había interrumpido la comunión eclesiástica de la Iglesia griega con el Pontificado romano y la Iglesia latina. La vuelta a la unión constituyó desde entonces un objetivo permanente de la Cristiandad. La promovieron Pontífices, la desearon en Constantinopla emperadores y hombres de Iglesia, se celebraron concilios unionistas y hubo momentos como en el concilio II de Lyon (1274) y el de Florencia (1439) en que pareció que se había logrado. No era realmente así, pero tan sólo la caída de Constantinopla en poder de los turcos y la desaparición del Imperio bizantino (1453) pusieron fin a los deseos y a las esperanzas de poner término al cisma de Oriente y reconstruir la unidad cristiana.