Las primeras noticias escritas en que se menciona el Santuarios son las Relaciones Topográficas que mandó hacer Felipe II en los años 1515 y 1575; en ellas se lee: ….Hay una ermita de la advocación de Santi Espiritus, que está a dos leguas del pueblo muy buena y muy frecuentada de los pueblos comarcanos…”.
El imperio de Oriente o de Bizancio, se constituyó, con lo que pudo salvarse después de la caída de Roma. Como es natural, recogía el espíritu cristiano proclamado por Constantino, y el sentido jurídico de aquel pueblo grande e inmortal. Su arte, se vio influido por la policromía persa e introdujo e hizo popular, la pintura historiada, hasta el extremo de que se hablaba de un senador que llevaba bordada en su toga, toda la Pasión y muerte de Nuestro Señor Jesucristo. Eran incorrectos en el dibujo, y atendía palpablemente a representar lo grandioso y los sentimientos de la piedad con que nuestros abuelos cargaban con su Santísimo Cristo -más de 40 arrobas entre la imagen y las andas- debía parecerles que traían a hombros a nuestro Redentor agobiado por el peso de nuestros pecados.
La religión y el comercio, trajeron a España a los bizantinos en las provincias de Ciudad Real y Palencia, hubo núcleos de población y con ellos posiblemente de monjes se estableció en nuestro valle, en si próximo, sino en el mismo en que se encuentra la Cruz que señala algo de la imagen.
La invasión de los árabe, dividió a los españoles en tres grupos: materialistas e ignorantes, que no sentían el cristianismo y que abrazaron la nueva religión, ayudando al vencedor se llamaron renegados; los que para salvar su vida y sus propiedades dispensaron benévola acogida a los invasores pero conservando su culto que se llaman mozárabes; y los que con pureza de sentimientos no transigieron con los enemigos de su fe y huyeron para reagruparse en las montañas del Norte, e iniciar la Reconquista de la Patria. Algunos pertenecían los antiguos pobladores bizantinos que a pesar de lo precipitado de su partida intentaron salvar la Cruz de su Cristo, dejándola enterrada entre sus muertos inmortales. Por lo que a la salida de la aldea del Cristo dirección Malagon, junto a la carretera, de divisa sobre un montículo el monumento de “la Cruz de Cristo”, que recuerda como en este lugar, se encontró enterrada la primitiva imagen del Cristo del Espíritu Santo, de estilo bizantino, ocultada durante la ocupación musulmanas enemigos y destructores de imágenes; y en este mismo lugar se encuentra el yacimiento arqueológico de una Necrópolis visigoda del siglo VI D.C.
Esta imagen fue descubierta a mediados del siglo XVI y Ares Pardo de Saavedra, Mariscal de Castilla, que gozaba del señorío sobre los vecinos y Terrenos del Estado de Malagón, erigió para su culto un santuario en un sitio ameno y agradable de aquel mismo lugar y rodeado de frondosa arboleda. En su contorno se levanta un pequeño poblado que lleva el nombre Cristo del Espíritu Santo habitado por gente sencilla y modesta trabajando en la labranza del campo o en el pastoreo del ganado, como medio de vida.
En el siglo XVIII, se funda la Hermandad del Santísimo Cristo del Espíritu Santo habiendo sido aprobada por S.A. el Infante Don Luis, Cardenal Arzobispo de Toledo, con fecha de 20 de marzo de 1741 y se introduce la costumbre de trasladar la imagen a Malagón con motivo de las solemnes fiestas de septiembre, en que se conmemora la Exaltación de la Santa Cruz. La progresiva villa se supera de año en año para ofrecer a cuantos asisten esparcimiento y solaz, con su programa seleccionado y atractivo, mesa regalada y abundante y posible decoro urbano. El artículo 32 de las Ordenanzas Municipales de 1885, no solo confirma estas preocupaciones sino que pone de manifiesto tan ingenua candidez en nuestros antepasados que parece inspirada por los legisladores de Cádiz. Dice así: “Los que tuvieren puestos fijos en el mercado en la feria, cuidarán de que esté siempre limpio el espacio que ocuparen, y de no sacar a la venta artículos averiados. No se arrojarán despojos, paja o basura a los tránsitos calles destinadas a la circulación, ni se desplumarán en ellas las aves”.
La imagen del Santísimo Cristo del Espíritu santo, fue destruida de forma horrible y cruel. El autor del artículo de referencia, D. Generoso, con admirable realismo y fervor invita a quien con la imaginación quiera asistir al macabro espectáculo puede presenciar la siguiente escena: “Es una noche estrellada y magnifica, precisamente el mes de septiembre del año 1936; la imagen ha sido descolgada de su altar y yace en el suelo en el patio de la Iglesia; la llama oscilante de un carburo alumbra el lívido rostro de unos hombres patibularios que se disponen a cumplir la más demoniaca de todas las ordenes que consiste en destrozar a Jesús Crucificado, con golpes de macho de herrero; los trazos se amontonan y se queman en una hoguera, mientras aquellos infames, bestializad por la maldad y por el vino, chancean y blasfeman alrededor del fuego, fingiendo un valor que no tienen. Cuando la pira se enfría, son barridas las cenizas y echadas en un estercolero, y la Iglesia se convierte en un club revolucionario, o centro de reunión de estos hombres miserables y siniestros”.
La imagen actual del Cristo es una obra moderna, del escultor madrileño Faustino Sanz Herranz (1923-2010), trata de reproducir a la antigua, porque fue la más perfecta versión de Jesucristo. Como el original que representaba, Cristo, sufrió persecuciones, acabó por el crimen de aquellos por quienes había intercedido para conseguir los Divinos Favores. Fue una de las últimas corregidas y aumentadas, de la demente y pecadora ingratitud humana.
Concluye Don Generoso su fervoroso artículo al que he mencionado: “A los desgraciados que se hacen reos de la Justicia de Dios, les acompaña nuestro sentimiento porque como dice el Profeta David “tiene ojos obscurecidos, y andan siempre con espinazo encorvado. Perdónalos, Señor! Perdona a los que te dieron esta segunda muerte después de la primera que sufriste, para salvarles a ellos y a nosotros”.