Ordenado el 13 de febrero de 2010, había cumplido pues más de ocho años de sacerdocio. Era párroco de Nuestra Señora de La Merced (Usulután), pero durante la Semana Santa estaba colaborando en la parroquia de la Santísima Trinidad en Lolotique, en su región natal, para que pudiesen tener los oficios del Triduo Pascual.
Tras oficiar una misa, se dirigía a celebrar otra en un vehículo, acompañado de otras tres personas, cuando su vehículo fue interceptado por otro del que salieron tres hombres armados y con el rostro tapado por pasamontañas.
Robaron a los pasajeros los relojes, carteras y teléfonos móviles, pero el móvil no era solo el robo, porque obligaron al padre Walter a bajar del coche, le apartaron cincuenta metros y le dispararon. El sacerdote sobrevivió e intentó huir, por lo que le remataron. Los testigos no dudaron en hablar de "ejecución".
El obispo de Santiago, William Iraheta, condenó el crimen, sobre todo "en el contexto de la celebración de la Semana Santa, a pocas horas que el padre Walter había renovado sus promesas sacerdotales" en la misa crismal.
Aunque se desconocen las motivaciones del asesinato, pero la víctima ejercía su ministerio en una zona del país donde las maras extorsionan los negocios populares y los sacerdotes son el único apoyo para los habitantes sometidos a las mafias. Además apoyan a los chicos que no quieren entrar en las maras, con lo que se ganan su odio. "Estamos en primera línea, cada día nos preguntamos cuándo nos darán un balazo y nos sorprende que no lo hayan hecho aún", afirmó desde el anonimato uno de esos sacerdotes, según recoge L'Avvenire.